[Problème] Movie studio et conversion

Bonjour,
Avec Movie studio 12, je fais "Rendre en tant que...". J'obtiens un fichier en .m2ts, ou bien .mts ou encore .wmv, sans problème. Mon problème arrive lorsque je tente de convertir ces fichiers avec Adobe Media Encoder CS6 en .flv. Seule la conversion du fichier en .wmv me donne un fichier en .flv avec image ET son ! Les autres ne produisent que les images (que je lise avec Windows media ou Jet Audio).
Je vérifie bien pourtant d'intégrer l'audio lors de "Rendre en tant que...".
Est-ce que j'ai raté un truc quelque part ?
Pourtant Jet Audio convertit bien les fichiers .m2ts en flv, et avec le son !!
Quelqu'un aurait-il une indication ?