décalage d'image

J'ai un appareil numérique canon S45 avec lequel je prends de petites séquencee vidéos mais j'ai parfois un hic au montage:
1. J'insère une première vidéo
2. J'insère une seconde vidéo
3. Je met une transition entre les deux (généralemet le fondu enchaîné)
4. Je coupe la deuxième vidéo car elle est trop longue et supprime la partie qui ne m'intéresse pas
5. Quand je fait une lecture, cela saccade, "saute" à la fin de la transition, c'est à dire au début de la 2e vidéo alors que si je n'avais pas coupé la vidéo, pas de pb.

J'ai alors vérifié les frames de chaque vidéo, elles sont bien identiques. Je ne comprends pas.

Si quelqu'un a une idée.

2e question en passant: pour encoder en aVI ou MPG, quels codecs faut-il utiliser, il y en a des milliers?