MPEG2 vers FLV (codec On2 VP6)

Bonjour à toutes et à tous,

Comme le titre du message l'indique, j'ai des fichiers MPEG2 à transcoder en FLV.
Je souhaite utiliser pour ce faire le soft Flash Video Encoder. En effet, c'est celui qui m'a donné le plus de satisfaction (qualité/poids/temps d'encodage) pour un encodage des FLV avec le codec On2 VP6.
Mais j'ai un gros problème : le soft me transcode bien des MPEG2 d'une durée de 1 minutes environ, mais dès que je lui soumet des MPEG2 d'1h30, il me retourne "une erreur d'application interne".
Quelqu'un à une idée ? Merci d'avance.