[Problème] export sans fond (ou fond transparent) pour AE

Bonjour à tous.
Je me trouve confronté à un problème récurrent.
J'ai crée une animation 3D sous poser. J'ai exporté cette animation image par image en png, ce qui me permet d'avoir uniquement mes personnages, sans fond. Pour avoir différents plans de caméra, j'ai du l'exporter bien entendu plusieurs fois. J'ai ensuite recollé le tout sous première, de sorte que j'ai un chutier rempli de différents dossiers imbriqués (personnage1/cam auxiliaire 1-cam principale1 ; personnage 2/cam auxi 1 - dolly cam1 - dolly cam 2 ; etc...). Pour plus de facilité, j'ai créé des séquences individuelles pour chaque dossier donc pour chaque plan de caméra où je colle toutes mes images. C'est ensuite ces séquences là que je monte comme des rushes normaux de film.
Alors, je me doute que ma technique doit être très très loin de "ce qu'il faudrait faire", mais maintenant que j'y suis...
Le problème, d'une, c'est que ç'est très lourd à la base, et qu'en plus j'ai la facheuse habitude de multiplié les points de vues/angles et pistes, première est limite à l'agonie, m'enfin c'st pas le principal problème. Maintenant que j'ai fait mon montage, je n'ai toujours pas de fond (puisqu'à la base il s'agit de png à fond transparent). A l'apercu mon fond est donc noir. Avant de combler ce fond, je voulais effectuer un traitement sous AE pour transformer l'effet trop lisse de la 3D en effet dessin/cartoon.

Je dois vous prévenir que pour l'instant, je n'ai jamais réellement bossée sous AE, je suis donc plus que novice. Point de peur, j'ouvre AE, j'importe mon projet première. ce que je n'avais prévu, c'est, logiquement, AE ne m'importe pas mon montage comme dans première, il me sépare chaque piste (pas la même présentation quoi - je vous avais prévenu), et que donc au lieu d'avoir mes 7 ou 8 pistes vidéo de montage ou j'ai entreposé mes rushes, j'ai justement mes 50 et quelques rushes différents sans compter les images isolées par ci par là...) . J'imagine que c'est plutôt très judicieux pour un montage classique (après tout c'est ce qu'on lui demande), mais dans mon cas, ça donne quelque chose de complètement illisble et surchargé. D'autant que je veux appliquer l'effet de façon uniforme sur l'intégralité de montage, je n'ai donc absolument pas besoin d'avoir mes 50 rushes différenciés.
Je me dis donc, je vais exporter pour avoir un seul fichier vidéo et ensuite lui appliquer l'effet. Problème, et c'est là le noeud, je ne peut pas exporter avec un fond transparent (toujurs impossible il me semble?) ET mon futur fond dépendra de l'effet cartoon généré par AE (c'est le chat qui se mord la queue!).
J'ai pensé à mettre un fond bleu ou vert uniforme derrière pour pouvoir le virer sous AE mais mes images comportent en elles-mêmes des zones de transparences (à50% par exemple). Si donc je met un fond bleu, je me retrouve avec des zones qui vont devenir bleus-grises, ou violettes etc... et je en suis pas sure qu'au moment où je demanderais à AE de supprimer le fond bleu, il réussira à supprimer aussi les teintes modifiée et/ou que je pourrais réacquérir mon taux de transparence....
AAAAAAAAAAAAARGH!
Je tourne en rond. Si quelqu'un pouvait m'aider à y voir plus clair...! merci merci d'avance!