Comment bien organiser ses disques durs?

Salut,
En fait ces temps ci j'ai as mal de probleme avec mon pc, donc je vais le formatter pour mettre un peu d'ordre. Par contre j'aimerai quelque conseil a ce sujet.

Tout d'abord je cite ma config, ca sert toujours:
-Athlon 2000+
-CM asus a7n8x-x
-CG radeon 9200
-1 Go ram Corsair
-DD: 80Go+ 160Go et 40Go en externe
-2 ecran 17"
Elle n'est pas toute neuve, mais j'en suis satisfait.

Donc pour le formatage, je ne sais pas quel est la meilleur facon de proceder. Creer 3 partitions, 2 avec 1 windows installé sur chacun, et une pour des donnees? Comment organiser la taille des partitions et des DD a utiliser?

J'ai ces temps ci de nombreux probleme de rebootage dés que le l'UC stagne a 100% pendant quelques instant dans le gestionnaire de taches. Aussi il m'arrive tres souvent que des le demarrage, le simple fait de laisser appuyer sur une touche du clavier me fait utiliser l'UC a fond, et me ralentit tout le pc (je remarque ca surtout avec la musique qui saccade).
J'avais deja formatter mon pc il y a moins d'un mois pour les meme raison, mais au bout d'un certain temps ces problemes sont revenu.

C'est pourquoi je vais faire un gros formattage bien propre, où je vais essayer de mieux reorganiser tout ca.
Quels sont donc vos conseils ainsi que vos propres organisations de DD.
Certains ont peut etre eu les memes problemes que moi? Si oui, avez vous a en trouver la cause.

Je vous remercie de vos reponse.