Conversions AVCHD (.M2ts) --> ? pour effets spéciaux

Bonjour ,
Récémment j'ai acquis un Sony SR11, j'en suis très content, avec Sony Vegas Pro 8 je charge mes rushes sans soucis...
J'ai toutefois besoins de conseils de bases quand à la création d'un projet (Choix de la résolution, entrelacé ou pas, codec ...) Pour éviter que le sujet soit trop vaste je vous expose le cas précis.

1) Je dois faire des effets spéciaux (ChromaKey et correction colorimétrique) sur certains rushes ("Full HD") sous AfterEffects.
2)Je dois monter ces rushes ci avec les autres sans effets spéciaux (Vegas Pro 8)

Ma question est donc :
Que me conseillez vous comme format de projet, format d'exportation (Choix de la résolution, entrelacé ou pas, codec) sans perdre trop de qualité à chaque étape ?

Merci d'avance pour vos différentes contributions.