Salut,
Je n'ai peut-être pas bien compris ta question, mais je ne pense pas que l'échantillonnage pose problème (en passant, ce sont des kHz, et non pas des MHz). Si c'est le mixage qui pose problème du fait de l'échantillonnage, tu peux au préalable bêtement ré-échantillonner de 44,1 à 32 avec Cool Edit par exemple ?
Bref, pour moi, la désynchro en lecture ne peut pas venir de l'échantillonnage (nb d'échantillons par secondes, et les secondes, elles, ne bougent pas

L'idée présentée plus haut, les plans de coupe, me paraît la meilleure sans "remasteriser" (façon de parler, hein) ta bande son.
Une solution, peut-être: récupérer la bande son DV en .wav, récupérer la bande son 44kHz en .wav aussi (si ce n'est déjà le cas), ouvrir les deux sur Cool Edit, et ajuster la durée de la piste 44kHz en prenant repère sur la piste DV (qui sert uniquement de témoin, et ne sera pas réutilisée par la suite).
Tu peux alors insérer ton nouveau fichier ajusté 44kHz dans la bande son de ton logiciel de montage.
Si j'ai bien cerné le problème, n'hésite pas à reprendre contact pour un coup de main.
A+
TheGibs.