Tu peux te tourner vers Flash MX (de chez Macromedia), ou, dans le même rayon, il existe Toon Boom Studio (mais ces 2 softs sont payants). Si tu fais de la 3D, tu peux faire un rendu cartoon ("cell shader", je crois...). Il est possible aussi d'utiliser After Effects (animation par images-clés, peinture de vecteurs dynamique, etc.), combiné au besoin avec Photoshop pour le traitement image par image. Je n'ai pas d'autre idée en tête pour le moment (ne faisant pas moi-même d'animation

) mais il existe sûrement pas mal de softs dédiés (tu peux aller voir sur des sites genre telecharger.com ou download.com pour choper des démos ou des freewares).
A +,
Jeum.