En principe, un fichier .mov, si c'est le fichier dont tu disposes, est reconnaissable et utilisable par Windows... à moins qu'il y ait 36 sortes de fichiers .mov...
Par ailleurs, les problèmes de compatiblité entre Windows et MAC concernent les exécutables, et moins les fichiers de données. Autrement dit, un fichier audio ou texte pourra autant être exploité par MAC que par Windows, à moins que tu choisisses, sous l'un comme sur l'autre,
des formats qui soient réellement spécifiques à un OS ou l'autre, et qui donc ne sont reconnaissables que par les Soft installables sur l'un ou sous l'autre.
Sinon, voici un lien qui t'expliquera comment convertir un fichier Quicktime en .avi, mais je ne suis pas sûr que ce soit approprié, car cela concerne le Divx... Toutefois, peut-être qu'en modifiant la procédure...
Convertir un fichier Quicktime en fichier AVI - Wiki Clubic