Je vais me répondre à moi-même.
J'ai trouvé un petit utilitaire simple, gratuit et très efficace : DV Date Time Changer.
http://video2dv.com/index.php?lang=en&page=dvdtc
La beta 3 fonctionne très bien, j'ai réencodé 2H de vidéo non "datecoder" en 30 minutes.
Le résultat est parfait : datecode (year-month-day hour-minute-second) présent sur le fichier final. Excellent.
Apparemment, vous pouvez également transcoder PAL ou NTSC et 16/9 ou 4:3.
J'ai pas essayé par contre.