Bon, j'ai finalement trouvé une démarche qui fonctionne.
J'ai utilisé l'utilitaire VobEdit pour démultiplexer les flux vidéo et audio.
J'en ai obtenu un fichier M2V pour la vidéo, et un fichier WAV pour le son.
J'ai ensuite repassé le fichier WAV dans HeadAC3 pour le convertir en un fichier stéréo 44,1 KHz. J'obtiens ainsi un fichier de même durée que le fichier vidéo.
J'ai renommé le fichier WAV en MPA pour qu'il soit pris en charge par Sorenson Squeeze.
J'ouvre Sorenson Squeeze, je glisse mon fichier MPA et je fais un "link audio" vers mon fichier MPA.
Et je lance l'encodage.
Le seul problème que je peux avoir, c'est dans la gestion des pixels carrés/rectangulaires.
J'obtiens une vidéo légèrement déformée (personnages légèrement allongés) et ne sais donc pas à quel moment je dois faire la modification.