Microsoft, après avoir longtemps supporté (et développé en partie) le MPEG-4, a changé d'avis tel une girouette et a décidé de favoriser son format maison : WindowsMedia.
Cette stratégie passe par des méthodes modérément sympathiques : WindowsMediaPlayer ne sait pas lire le MPEG-4 par défaut. Il existe des codecs qui furent gratuits mais qui ne le sont plus. Le mieux, pour les utilisateurs Windows, c'est finalement de télécharger la version Windows de QuickTime (la version 6 ou plus récente sait lire le MPEG-4).
Enfin, il existe sous MacOSX des encodeurs MPEG-4 gratuits bien meilleurs que l'outil intégré à QuickTime (openshiiva par exemple). Si tu cibles un débit relativement faible (web...), la différence est flagrante. C'est plus compliqué, mais le jeu en vaut la chandèle. Si ça t'intéresse, regarde ceci :
http://poisson.nicolas.free.fr/tutoriels/mpeg4_rtf.tgz