Scandisk hs sur C...pas de panique

J'ai une station de montage, assemblée par un spécialiste de la photo et de la vidéo, situé près deu cirque d'hiver, oui la boutique jaune! Le s.e. est win98se, la carte d'acquisition une EZDV de Canopus, et deux disques.....
Depuis j'ai bien du ajouter puis enlever quelques zinutilitaires genre "Project Dog Waffle", Tsumani, une vieielle version de GIMP, et autres... et récemment les pilotes pour un porte-clef USB et pour l'APN!
tout allait bien jusqu'à ce que....un beau jour POUM ecran bleu en éteignant l'appareil photo numérique.
Quelques jours après, après avoir fini ma vidéo mensuelle, car en tant qu'amateur je ne fait qu'un montage par mois! J'ouvre l'explorateur et clic droit sur le disque C pour lancer Scandisk .....pas plus de 3 pavés bleus, le defragmenteur, lui restait couché! Et sur le disque D? aucune problème!
Arret, puis redemarrage à froid: c'est tout pareil. Le scan lancé à partir dans une fenetre DOS marche!
Je déplace tout un tas de répertoire de C vers D, et relance le scandskw, cette fois j'atteinds les 5, puis les 6 pavés bleus, mais ni le scan ni le défragmenteur n'aboutissent!
Intense reflexion! je prend le disque d'install de Win98 pour ....parcourir le répertoire \win98, y trouver un programme scandisk et double-cliquer dessus ...HOSANA, je scanne complètement mon disque C, et dans la foulée je défragmente sans aucun problème! Je copie sur le disque D, le scandisk, le scandskw et le scan.pif!
Arret, relance à froid et j'essaie d'executer en double cliquant à partir de D, rien, nada, niet, zéro, palbo.....pareil en partant d'une disquette,........kif-kif en partant du porte-clef USB............
mais ça marche en partant d'un cd gravé normalement et meme au format UDF (F. Bayrou n'y est pour rien)!
donc ne vaut-il mieux pas avoir un cd de démarrage plutot qu'une disquette de démarrage ? au cas ou....